שיעור #2
כידוע, הDNA מורכב מבסיסים ומשני גדילים. מבנה הDNA הוא מסולסל, בצורה כזו שהנוקליאוטידים בולטים החוצה ויוצרים "שקע" בDNA. ייתכנו שני סוגי שקעים כאלו:
שקע צר, הנקרא Minor Groove,
ושקע רחב, הנקרא Major Groove.
בכל עליה של שלב בסליל הDNA יש 10 בסיסים.
ההפרש בין כל עליה לעליה הוא הוא 3.4 ננומטר.
חלבונים שיוצרים אינטראקציה עם הDNA יכולים להקשר ל Major/Minor Groove בהתאם למרווח.
בניסוי של מזלסון וסטהל לקחו שני איזוטופים של חנקנים עבור שני מקרים.
DNA שהכיל חנקן N15 שקע בגראדיינט, ואילו הDNA הקל יותר צף למעלה.
ידעו שחיידקים מכפילים את עצמם כל 8 שעות, ומכיוון שהDNA שלהם היה צבוע, ראו שדם הDNA משתכפל בצורה כלשהי.
ישנן צורות שונות להסתלסלות הDNA, אך 3 הצורות העיקריות הן:
טופואיזומראז - אנזים שתפקידו (או אחד התפקידים שלו) הוא לשחרר לחץ מסליל הDNA. הוא חותך (Nip) גדיל אחד, משחרר את הסלסול, ומחבר בחזרה. פעולה זו חוזרת על עצמה עד שמתקבלת מולקולת DNA עגולה.
טופואיזומראז 2 (נקרא גם DNA-Girase) - אנזים שחותך את שני הגדילים, ומעביר אחד דרך השני, בניגוד לטופואיזומראז שחותך רק גדיל אחד.
תהליך פתיחת הDNA כך שהDNA יהיה בסדר אקראי נקרא "דנטורינג" (Denaturing?)
מושגים נוספים:
Hoogsteen Base pair - צורה של זיווג בסיסים, המאפשרת זיווג של 3 בסיסים (3 גדילים), T-A-T, לדוגמא.
Supercoiled - מצב בו סליל הDNA מסולסל (מצב טבעי) ודחוס יותר.
Relaxed - מצב בו סליל הDNA בצורה מעגל, כאשר הוא אינו מסולסל (לאחר שאנזים שחרר בו לחץ ושינה את צורתו)
L-Linking Number - מס' הפעמים שבו סליל אחד של DNA מקיף\עוטף את הסליל השני.
T-Twist - מס' הפעמים שפולינוקליאוטיד מסתלסל סביב ציר הדופלקס.
W-Writhing Number - מס' הפעמים ששני הגדילים מסתלסלים סביב ציר הדופלקס ("סלסול שניוני").
שקע צר, הנקרא Minor Groove,
ושקע רחב, הנקרא Major Groove.
בכל עליה של שלב בסליל הDNA יש 10 בסיסים.
ההפרש בין כל עליה לעליה הוא הוא 3.4 ננומטר.
חלבונים שיוצרים אינטראקציה עם הDNA יכולים להקשר ל Major/Minor Groove בהתאם למרווח.
בניסוי של מזלסון וסטהל לקחו שני איזוטופים של חנקנים עבור שני מקרים.
DNA שהכיל חנקן N15 שקע בגראדיינט, ואילו הDNA הקל יותר צף למעלה.
ידעו שחיידקים מכפילים את עצמם כל 8 שעות, ומכיוון שהDNA שלהם היה צבוע, ראו שדם הDNA משתכפל בצורה כלשהי.
ישנן צורות שונות להסתלסלות הDNA, אך 3 הצורות העיקריות הן:
- BDNA - יש 10 בסיסים לכל סיבוב. הכיווניות היא ימין.
- ADNA - יש 11 בסיסים לכל סיבוב. הכיווניות היא ימין.
- ZDNA - הכיווניות היא שמאל. (Left hand helix).
טופואיזומראז - אנזים שתפקידו (או אחד התפקידים שלו) הוא לשחרר לחץ מסליל הDNA. הוא חותך (Nip) גדיל אחד, משחרר את הסלסול, ומחבר בחזרה. פעולה זו חוזרת על עצמה עד שמתקבלת מולקולת DNA עגולה.
טופואיזומראז 2 (נקרא גם DNA-Girase) - אנזים שחותך את שני הגדילים, ומעביר אחד דרך השני, בניגוד לטופואיזומראז שחותך רק גדיל אחד.
תהליך פתיחת הDNA כך שהDNA יהיה בסדר אקראי נקרא "דנטורינג" (Denaturing?)
מושגים נוספים:
Hoogsteen Base pair - צורה של זיווג בסיסים, המאפשרת זיווג של 3 בסיסים (3 גדילים), T-A-T, לדוגמא.
Supercoiled - מצב בו סליל הDNA מסולסל (מצב טבעי) ודחוס יותר.
Relaxed - מצב בו סליל הDNA בצורה מעגל, כאשר הוא אינו מסולסל (לאחר שאנזים שחרר בו לחץ ושינה את צורתו)
L-Linking Number - מס' הפעמים שבו סליל אחד של DNA מקיף\עוטף את הסליל השני.
T-Twist - מס' הפעמים שפולינוקליאוטיד מסתלסל סביב ציר הדופלקס.
W-Writhing Number - מס' הפעמים ששני הגדילים מסתלסלים סביב ציר הדופלקס ("סלסול שניוני").
אין תגובות:
הוסף רשומת תגובה