‏הצגת רשומות עם תוויות המוגלובין. הצג את כל הרשומות
‏הצגת רשומות עם תוויות המוגלובין. הצג את כל הרשומות

יום שני, 7 באפריל 2008

ביוכימיה – הרצאה (16.3.08)

שיעור #15

הHill לא מבטא את חוזק הקישור. מקדם Hill הוא מדד לקואופרטיביות של התהליך – עד כמה קישור של מולקולת חמצן ישפיע על הקישור של המולקולה הבאה של חמצן.

מצב שנקרא DeOxy ומצב Oxy.

במצב Deoxy אין חמצן קשור להמוגלובין. במצב Oxy חמצן קשור להמוגלובין.

במצב Deoxy ההמוגלובין נוסע מהרקמות לריאות. במצב Oxy ההמוגלובין מסיע את החמצן מהריאות לרקמות. מצבים אלו הם הפיכים.

יש מצב המוגלובין שמתרחש כשנושמים גז COCarbon Monoxy. גז זה נקשר להמוגלובין יותר חזר מאשר חמצן. הרעלת CO היא מצב שבו ההמוגלובין נושא CO במקום חמצן, ומוביל למוות כתוצאה מחנק.

במצב של מעבר מoxy ל Deoxy, יש איזשהו ציר. בהשוואה בין שני מצבים אלו, אלפא-1 ובטא-1 מסתובב בזווית של 15 מעלות ביחס לאלפא-2 ובטא-2.

במצב Deoxy יש דבר חשוב נוסף: הC-טרמינל של התת יחידה בטא-2 לעומת C-טרמינל של בטא-1 נמצא בין חומצות האמינו 38 ו-41 של תת היחידה אלפא שנמצאת ליד. כאשר עוברים למצב Oxy הזנב מתרחק בצורה משמעותית מהחומצות 38 ו41.

אם מסתכלים על מצב הDeoxy טבעת ההם לא ישרה (לא מישורית) - הברזל שקשור להיסטידין הפרוקסימלי F8 נמצא מעליה. כאשר החמצן נקשר, מדברים על מצב של Transition (מצב מעבר). כשהחמצן נקשר הטבעת הופכת להיות ישרה (מישורית). כשהטבעת הופכת למישורית נוצרת הפרעה סטרית, והיא נוגעת בואלין FG5. הואלין זז כתוצאה מכך ימינה. מתזוזה זו אפשר למדוד שינוי של ההיסטידין ושל הברזל שקשור לחמצן. במצב הזה ההיסטידין מוטה 8 מעלות שמאלה. לבסוף, כתוצאה מקישור החמצן לברזל הם נמצאים על אותו ציר ורואים תזוזה של המבנה למצב הOxy.

אירוע נקודתי משפיע על כל מבנה ההמוגלובין. החמצן יכול לגרום לשינוי מבני בהמוגלובין כאשר הוא נקשר אליו.

בניסוי שעשו החליפו בהמוגלובין את ההיסטידין F8 בחומצת האמינו גליצין (מוטציה נקודתית מכוונת = SDN).

תיאורטית, אם אין קישור בין ההיסטדין לשרשרת ההליקס F, לא תהיה תזוזה.

כדי לבדוק זאת – הורידו את ההיסטדין והחליפו בגליצין. מבחינה כימית, צריך למצוא דרך לייצב את הברזל.

המולקולה Imidazole, שדומה בתכונותיה להיסטדין, נקשרת לברזל אך אינה נקשרת לשרשרת. מה שראו, זה שכאשר חמצן נקשר לברזל ולטבעת ההם, אין תזוזה של הF. מכך הסיקו שחייבים את ההיסטדין, ושאחד השינויים שהחמצן גרום להם הוא הזזת ההליקס F.

יש שני מודלים (ואחד נוסף בספר) לגבי קישור החמצן להמוגלובין ושינוי המבנה של תתי היחידות ממצב Deoxy למצב Oxy:

1. מודל KNFKoshland, Nemethy & Filmer – לפיו אין חמצן באיזור וכולם במצב עגול. לאחר שחמצן מופיע ונקשר, הוא מייצב את מצב הoxy של ההמוגלובין ויוצר צורה של משולש במקום עיגול. מצב זה מעודד את התתי יחידות האלו שאינן קושרות חמצן, שליד אלו שקשרו חמצן, לעבור למצב מעבר לקראת מצב ה Oxy. זהו מצב Sequence.

2. מודל ConcertedMWC – Monod Wyman & Changeux – כולם מראש נכנסים לאותו מצב. במודל זה, בצורה הטבעית, בחלק קטן מהזמן, מולקולות ההמוגלובין הופכות למצב של Deoxy לחלקיק שניה. תמיד חלק מהמולקולה יהיה במצב Oxy כלשהו.

ROxy

T = Tense - Deoxy

יכול להיות שהתא במצב T אך עדיין קושר חמצן. החמצן ייקשר לT אך בצורה חלשה מאוד.

באינטראקציה בין המוגלובין לחמצן - כאשר הPH יורד, החמצן קשור חלש יותר להמוגלובין. בריאות יש אחוז גבוה של רוויה של קישור חמצן.

PH באזור 7.6, אחוז הרוויה הוא 70% ו30% השתחרר.

PH של 7.2, אחוז הרוויה הוא כ50% ו50% השתחרר.

ככל שהPH יודר, הזיקה של החמצן להמוגלובין יורדת.

ההיסטדין 146 שנמצא בקצה תת היחידה בטא, מסוגל ליצור גשר מלח עם החומצה האספרטית מס' 94 כל עוד הוא טעון חיובית. זה קורה במצב Deoxy.

במצב Oxy אין יצירת גשר מלח. הגשר מלח מייצב את הצורה הטעונה של ההיסטדין, ולכן הPKa של ההיסטדין עולה במצב Deoxy.

חשוב לזכור: פרוטונציה של היסטדין 146 מייצבת את המצב הdeoxy.

עליה בריכוז הפרוטונים גורמת לירידה בPH, ויש שחרור מוגבר יותר של חמצן.

יצירה של חומצה לקטית תוריד את הPH (כתוצאה ממאמץ יתר) גם גורמת לשחרור חמצן ברקמות.

Hb-4O2 + nH+ <---> Hb-nH- + 4O2

ההשפעה של הפרוטונים איננה רק על ההיסטדין (יש ח. אמינו נוספות שמושפעות מהשינוי בחומציות) אך אנו נתייחס רק להשפעה על ההיסטדין 146.

האפקט של שחרור חמצן מוגבר נקרא אפקט בור (Bohr Effect).

איך הCO2 מגיע לריאות ויוצא?

הCO2 לא נקשר באותו אתר של החמצן. הוא יכול לעבור בדיפוזיה בדם. ביקרבונט נמצא בדם ומגיע עד הריאות, ובריאות מתבצעת תגובה לכיוון ההפוך והCO2 משתחרר.

ש תגובה חשובה שנקראת קרבמאט: CO2 שהפך לביקרבונאט יכול להקשר ישירות להמוגלובין. בשרשרת הפוליפפטידית של ההמוגלובין שיירים של +NH3 שפוגשים ביקרבונאט, הH והO נופלים ונוצר קרבמאט: -NCOO. נוצר גם פרוטון וגם מים. הפרוטון מוריד את הPH ברקמות, מה שמגביר את אפקט בור.

צורה הקרבמאט מיוצבת במצב Deoxy, וכאשר מגיעים לריאות ויש מעבר ממצב Deoxy לoxy התגובות הולכות לכיוון קליטה של פרוטון ומים, עליה בPH ויצירה של ביקרבונטא שיחל את התהליך שוב. הCO2 בריאות ישתחרר, וכך הוא מסולק.

לאנשים מעשנים יש רמות גבוהות של BPG בגוף – Bisphosphoglicerate.

זו תרכובת שנקשרת למצב Deoxy של המוגלובין ומייצבת אותו. מצב זה מעודד שחרור חמצן. מתברר שבמקומות גבוהים הגוף מרגיש בזה, ומייצר BPG בדם.

בריאות עדיין נוכל לקלוט חמצן, אך ברקמות יש פחות חמצן, ולכן יש יעול של שחרור החמצן בעזרת ייעול המצב הdeoxy.

Fetal Respiration

ההמוגלובין של העובר שונה מזה של אדם בוגר – הוא מורכב מ2 שרשראות אלפא ו2 שרשראות גמא (במקום בטא). הגמא פחות מושפע מהBPG ולכן הוא יותר במצב Oxy והוא יוכל לקחת חמצן מאימו בקלות (אפיניות גבוהה).

במהלך ההיריון יש הרבה שרשראות אלפא, הרבה גמא ומעט בטא. לאחר כ9 חודשים אין יותר גמא בדם של אישה הרה.

יום שני, 17 במרץ 2008

ביוכימיה – הרצאה (11.3.08)

שיעור #14
הערה: המבחן לשתי הקבוצות (ביוטכנולוגיה וביולוגיה) יהיה משותף!

נושא ההרצאה: המשך המבנה הראשונ, השניוני והשלישוני.

כיצד ניתן לחזות איך החלבון שמקודד לDNA נראה?
את המבנה השלישוני קשה לקבוע.
משתמשים באלגוריתמים כדי לקבוע את המבנים. למבנה שניוני יש סקלות שעוזרות לנבא מה הם הסיכויים שח. אמינו אחת תהיה מבנה א' ולא מבנה ב'. אם אף אחת משלושת האפשרויות (אלפא-הליקס, משטח-בטא, או TURN) לא מתקיימת...
אנו קובעים ציון כלשהו לכל מבנה (למשל גליצין וואלין) ומשתמשים בטבלה להצגת הציונים של כל מבנה באזור ספציפי של החלבון.
אם הציון של אלפא-הליקס גבוה יותר, למשל, אז אנו מניחים שזה יהיה המבנה עבור האזור הספציפי שאליו התיחסנו. זה נקרא ניבוי, או Prediction.

עבור BPTI, הצליחו לנבא את המבנה השניוני בעזרת אלגוריתמים. אם משווים את הניבוי למבנה האמיתי, רואים שהם דומים מאוד.
כדי לנבא את המבנה השלישוני, משתמשים במבנים דומים (ברצף) שכבר נפתרו.
יש הרבה קבוצות שבונות תוכנות מחשב שמנסות לפענח מבנים של חלבונים לפי מודלים שכבר נפתרו והאלגוריתם שלהם נשמר בסוד.

סיכום פרק 6
ידוע שיש כמה רמות מבנה. הרמה הראשונית היא רצף ח. האמינו.
רצף המבנה השניוני הוא אלפא-הליקס או משטחי-בטא. המבנה השלישוני הוא התארגנות השרשרת הפוליפפטידית במרחב.
המבנה הרבעוני הוא התארגנות של תתי יחידות (בפרק הבא).
מבחינת מבנה שניוני, יש מס' קטן של מבנים מותרים מבחינה סטרית, והם מיוצבים על ידי קשרי מימן.
לחלבונים גלובולריים יש פנים הידרופובי וחוץ הידרופילי.
התרמודינמיקה של הקיפול שלהם תלוי בדינמיקה והאנטרופיה של המערכתץ חלבונים קטנים נוטים להתקפל לבד וחלבונים גדולים צריכים עזרה מצ'אפרונים – חלבונים שעוזרים לחלבונים אחרים להתקפל בתא ומונעים דנטורציה ואגרגציה שלהם.
דנטורציה של חלבונים יכולה להגרם על ידי עליה בטמפרטורה או שינוי בPH.
הסיכוי לניבוי של מבנה שלישוני של חלבון גדול יותר אם מתבססים על מבנה ידוע של חלבון קיים, אך הוא עדיין לא ודאי (נכון להיום).

גלובינים
אורניזמים רבים בטבע זקוקים לחמצן במטבוליזם שלהם. יש אורגניזמים פשוטים שלא צריכים העברה אקטיבית של חמצן (חרקים, למשל). אורגניזמים גדולים ומורכבים יותר צריכים להעביר חמצן לכל חלקי גופם בהעברה אקטיבית.
תפקיד החלבונים ממשפחת הגלובינים (מיוגלובין והמוגלובין) הוא לקשור חמצן.
המיוגלובין (נמצא ברקמות) אוגר חמצן לעת צרה.
ההמוגלובין מעביר החמצן מהריאות לרקמות.

המבנה
המבנה של המיוגלובין ושל ההמוגלובין דומים. הם בנויים מ8 אלפא-הליקס (כל אחד). הסלילים שלהם נקראים A, B, C... H.
70% מהשרשרת הפוליפפטידית היא במבני אלפא-הליקס. אין מבנה הרבעוני של מיוגלובין. לעומת זאת, המבנה הרבעוני של ההמוגלובין הוא של 4 תת יחידות, ש2 מהן הן תת יחידות שלפא, ו2 הן תתי יחידות בטא.
התתי יחידות דומות בינהן, וגם דומות למבנה המיוגלובין.
ההמוגלובין גודלו כ150 ח. אמינו לכל תת-יחידה (כ600 ח. אמינו סה"כ) כאשר כל תת יחידה יכולה לקשור רק מולקולת חמצן אחת (O2).
קבוצת הHEME (קבוצה פרוסטטית) היא קבוצה כימית שאינה מהווה חלק מהחלבון אך נמצאת בחלבון. הקבוצה הזו בנויה
יש משפחה גדולה של תרכובות שנקראות פורפירינים. אחד החלבונים במשפחה זו נקרא פורפין. כאשר מבצעים שינויים בטבעת כלשהי, החלבון הופך לפרוטופורפרין-9. אם מורידים 2H ומוסיפים ברזל, מקבל פרופרוטופורפרין (או קבוצת ההם = HEME). המבנה הזה הוא בעל צבע, וכאשר הוא מתחבר לברזל צבעו אדום. עם מגנזיום צבעו יהיה ירוק (בכלורופיל). עם נחושת הוא יהיה כחול.
הברזל יכול ליצור 6 קשרים: 4 נוצרים עם הטבעת הפרוטופורפירינית, קשר נוסף נוצר עם ההיסטידין שנמצא בהליקס F8 או היסטידין 93. החמצן לא קשור בצורה קוולנטית בגלל הקונפיגורציה. הוא מיוצב על ידי טבעת הN והברזל.
היסטדין נוסף מייצב את החמצן בצד השני והוא נקרא E7 או היסטדין 64.
להיסטדין הקרוב יותר (היסטדין 93) לטבעת הN קוראים PROXIMAL.
להיסטדין הרחוק יותר קוראים DISTAL.

כאשר החמצן צריך להשתחרר הוא עובר ממקום למקום בתוך הסביבה של טבעת הn וההליקסים – זהו תהליך דינמי שבו החמצן עובר ממקום למקום (ב"קפיצות") עד שהוא יוצא.

תהליך הקשירה של החמצן למיוגלובין (MB)
Mb + O2 --> MbO2

מגדירים את הערך [טטא]: שיעור תפוסת המיוגלובין על ידי החמצן.
טטא הוא מספר האתרים התפוסים (SITES OCCUPIED) חלקי סה"כ האתרים האפשריים (TOTAL AVAILABLE SITES).

[להעתיק משוואות מהמצגת]
חוק הנרי: הריכוז של גז מסויים שמומס בתוך נוזל הוא פרופורציונאלי לריכוז אותו גז שנמצא מעל הנוזל.
לכן, אפשר להגדיר את טטא כלחץ החמצן חלקיי לחץ חלקי של חמצן שגורם ל50% מהמיוגלובין להיות תפוס + לחץ חלקי של המערכת.

תהליך הקשירה צריך להיות יעיל (בגלל שיש צורך לאגור את החמצן).
כפי שניתן לראות בגרף, כבר בריכוזים נמוכים של החמצן המיוגלובין תופס אותו חזק (תפוסה גבוהה).

[להעתיק גרף מהמצגת]


להמוגלובין יש 4 תתי-יחידות.
אם מסתכלים על גרף של קשירה חזקה שלו לחמצן, נוכל לשחרר רק חלק קטן ממנו (כ10% מכלל שיעור ההמוגלובין התפוס) וזה תהליך לא יעיל.
אם הקשירה תהיה חלשה, ההמוגלובין יוכל לשחרר חמצן בקלות ברקמות אבל בריאות הוא ישחרר רק כ50%-60% ולכן גם אז זה לא יהיה יעיל.
הפתרון הוא קשירה חזקה בריאות וקשירה חלשה ברקמות.
העקומה, שמתעקמת בצורה סיגמואידלית (שצורתה S), מגדירה מושג שנקרא קואופרטיביות – אינטראקציה קואופרטיבית.
בתתי היחידות כל אחת עוזרת לשכנתה להבין מהי הצריכה של קישור החמצן באותו הרגע.
הקואופרטיביות אומרת שתתי היחידות ירצו לקשור חמצן (אם אחת משחררת חמצן, האחרות גם ישאפו לשחרור חמצן).
התנהגות קואופרטיבית היא חלק מאפקט רחב יותר בביוכימיה שנקרא האפקט האלוסטרי (שאומר שקישור של ליגנד לחלבון משפיע על האפיניות של שאר תתי היחידות או אתרי הקישור במולקולה).

עקומת היל – Hill Plot
בקישור ההמוגלובין לחמצן, בציר הX יש LOG של הלחץ החלקי של החמצן.
בציר הY יש טטא חלקיי 1 חלקיי טטא.
הטטא בהמוגלובין נתונה על ידי לחץ חלקי של חמצן בחזקת n חלקיי לחץ ב50% בחזקת n + לחץ חלקי בחזקת n.
ניתן להפוך את המשוואה הזו למשוואה עם LOG.

[משוואות מהמצגת]

הn הוא השיפוע של גרף היל. בהמוגלובין הוא שווה ל1.
במקרה של המוגלובין הn משתנה לאורך לחצים שונים של חמצן. משמעות שינוי השיפוע היא הזיקה לחמצן.
קישור החמצן הראשון מתנהג כשיפוע של 1. השיפוע משתנה ויכול לעלות עד כ3.5 .
במצב הזה, קישור לחמצן השני והשלישי מתבצע בזיקה חזקה יותר מאשר הקישור של החמצן הראשון.
למולקולה של 3 חמצנים יש אתר קישור אחד שנותר, ובמצב כזה השיפוע גם יהיה 1.
למצב שבו השיפוע הכי חזק, כ3.5, קוראים מצב מעבר.
המצב ההתחלתי שבו השיפוע 1 נקרא מצב קישור חלש.
המצב האחרון שבו השיפוע גם 1 נקרא מצב קישור חזק.